Setelah Yudhistira kalah bermain dadu dengan para Korawa, Pandawa beserta Dropadi harus menjalani masa pembuangan dan pengasingan selama 13 tahun. Kesempatan ini dimanfaatkan oleh Arjuna untuk bertapa demi memperoleh kesaktian untuk melawan para Korawa. Arjuna bertapa di gunung Indrakila.
Dalam pertapaannya, ia diuji oleh para dewa dengan mengirimkan tujuh bidadari yang cantik-cantik yang menggoda keteguhan hati Arjuna. Para bidarai yang dipimpin oleh Dewi Supraba berusaha menggoda Arjuna dengan segala cara, namun Arjuna bisa melawan semua godaan tersebut. Akhirnya, dengan penuh kekesalan, para bidadari kembali ke kahyangan dan melaporkan kepada Dewa Indra. Mendengar laporan pada bidadari tersebut, Dewa Indra kemudian turun di tempat dimana Arjuna bertapa dengan menyamar menjadi seorang pendeta.
Sang pendeta jelmaan Dewa Indra bertanya kepada Arjuna, apa tujuannya bertapa di gunung Indrakila. Arjuna pun menjawab bahwa ia melakukan tapa demi memperoleh kekuatan untuk mengurangi penderitaan rakyat, serta untuk menaklukkan musuh-musuhnya, terutama Korawa.Mendengar jawaban Arjuna, Batara Indra lalu menampakan wujudnya, dan ia memberikan anugerah kepada Arjuna berupa pusaka sakti.
Setelah mendapat anugerah dari Dewa Indra, Arjuna melanjutkan tapanya ke hadapan Dewa Siwa. Dewa Siwa terkesan dengan keteguhan hati Arjuna, maka ia mengirimkan seekor babi hutan yang membabi buta menyeruduk gunung Indrakila hingga bergetar. Arjuna terbangun dari tapanya dan melihat sekelilingnya, gerangan apa yang mengganggu laku tapanya.
Setelah melihat ada seekor babi hutan, maka ia segera melepaskan anak panahnya kearah babi hutan tersebut. Pada saat yang bersamaan, Dewa Siwa datang menyamar sebagai pemburu, turut melepaskan anak panah kearah babi hutan tersebut. Kedua panah itu pun menancap di tubuh babi hutan itu dan menjadi satu.
Pertengkaran antara Arjuna dan Pemburu jelmaan Dewa Siwa tidak bisa dihindarkan. Keduanya sama-sama mengakui telah membunuh babi hutan tersebut, namun pada kenyataannya hanya satu anak panah saja yang menancap. Arjuna pun berpikir bahwa si pemburu telah mengakui sesuatu yang sebenarnya menjadi haknya. Setelah perdebatan yang cukup lama, terjadi perkelahian diantara mereka.
Namun, saat Arjuna mengeluarkan serangannya, tiba-tiba sang pemburu menghilang dan menampakkan wujud aslinya sebagai Dewa Siwa. Mengetahui hal it, Arjuna meminta maaf karena telah berani menantang Dewa Siwa. Sang Dewa tidak marah, ia justru menganggumi keberanian Arjuna. Arjuna pun dianugerahi pusaka sakti berupa panah sakti bernama “pasupati”.
Arjuna pun juga diundang untuk tinggal sementara di kahyangan. Arjuna sebenarnya berat untuk meninggalkan saudara-saudaranya, namun ia akhirnya bersedia untuk dibawa ke kahyangan Dewa Indra. Saat itu di kahyangan Bathara Indra sedang dalam ancaman seorang raja raksasa yaitu Niwatakawaca. Maka dengan bantuan Arjuna, Prabu Niwatakawaca yang tidak bisa dikalahlan oleh siapapun kecuali seorang manusia pilihan berhasil dikalahkan. Sebagai hadiah, selama tujuh hari (perhitungan kahyangan) akan bersemayam di singgasana Indra dan dinikahkan dengan tujuh bidadari, salah satunya adalah Dewi Supraba.
Dalam versi lain juga diceritakan, saat berada di kahyangan Indra, Arjuna menolak menikahi Bidadari Urwasi, karena sakit hati, bidadari Urwasi mengutuk Arjuna menjadi banci.
Kutukan bidadari Urwasi dimanfaatkan oleh Arjuna pada saat menjalani masa penyamaran selama satu tahun. Pandawa dan Dropadi menuju ke kerajaan Wirata. Arjuna menyamar menjadi seorang guru tari yang banci, dengan nama samaran Brihanala. Arjuna juga berhasil membantu putra mahkota kerajaan Wirata, pangeran Utara menghalau musuh yang hendak menyerbu kerajaan Wirata.
Setelah masa pembuangan dan penyamaran selesai, para Pandawa ingin meminta kembali kerajaannya. Namun, Duryodana langsung menolak permintaan para Pandawa dan justru menantang perang. Beberapa kali usaha damai juga tak membuahkan hasil, perang pun akhirnya disetujui oleh para Pandawa.
Kresna, tidak ingin terlibat langsung dalam peperangan tersebut. Ia pun memberikan pilihan kepada Pandawa dan Korawa, memilih tentaranya atau memilih dirinya sebagai penasihat. Duryudana lebih memilih tentaranya, sedangkan Pandawa memilih Kresna.Dalam perang akbar di Kurukhsetra tersebut, Arjuna memilih Kresna menjadi kusir kereta perangnya.
Jelang perang meletus, Arjuna dilanda pergolakan batin ketika Ia melihat kakeknya, guru, saudara, teman, ipar dan kerabatnya berkumpul di padang Kurukhsetra untuk melakukan pembantaian. Arjuna menjadi tak tega untuk membunuh mereka, dan bertekad untuk mengundurkan diri dari pertempuran.
Melihat kegundahan hati adik sepupunya, Kresna kemudian menguraikan ajaran-ajaran kebenaran agar semua keraguan yang ada di hati Arjuna hilang. Kresna juga menunjukkan bentuk semestanya kepada Arjuna. Ajaran kebenaran yang dijabarkan Kresna kepada Arjuna disebut sebagai Bhagawadgita.
Dalam pertempuran di Kurukhsetra, Arjuna banyak membunuh ksatria pihak Korawa, salah satunya adalah Bisma, kakek yang sangat disayanginya. Berkali-kali ia mendapt kesempatan untuk membunuh Bisma, namun niatnya selalu urung karena teringat akan kasih sayang kakeknya tersebut. Hal itu membuat Kresna marah, Arjuna pun berjanji bahwa ia akan membunuh Bisma.Pada hari kesepuluh, Arjuna memenuhi janjinya, dengan bantuan Srikandi, ia berhasil membunuh Bisma.
Pada hari ketiga belas,Abimanyu putera Arjuna dengan Dewi Subadra gugur dikeroyok musuh. Arjuna sangat sedih, dan pada hari berikutnya ia maju ke medan perang melawan Jayadrata untuk membalas dendam atas kematian putera yang sangat disayanginya.
Satu hari jelang Bharatayudha berakhir, Arjuna maju ke medan perang dengan kereta perang yang dikusiri Kresna berhadapan melawan Karna. Mengetahu bahwa yang dihadapinya adalah kakaknya sendiri, Arjuna pun menjadi ragu-ragu.
Arjuna teringat akan ibunya, Dewi Kunti. Melihat hal itu, Kresna pun segera mengingatkan kelicikan dan kekejaman pihak Korawa kepada pandawa, terutama saat kematian Abimanyu, yang dikeroyok musuh.
Pertarungan dua saudara yang memiliki keahlian yang luar biasa dalam ilmu memanah, dan wajahnya sangat mirip sehingga sulit dibedakan pun terjadi. Diatas kereta perangnya, Arjuna sudah siap dengan pusaka saktinya, begitu pula dengan Adipati Karna.
Saat Adipati Karna melepaskan anak panah dan melesat menuju kepala Arjuna, Kresna dengan sigap menekan kereta Arjuna ke dalam tanah, sehingga panah Karna melenceng dan hanya mengenai gelung Arjuna.
Kini giliran Arjuna menyerang kembali, namun kereta Karna terperosok ke dalam lumpur, sehingga ia harus turun untuk mengkat keretanya. Arjuna menghentikan serangannya karena mmatuhi etika peperangan. Arjuna akan kembali menyerang bila kereta Karna sudah berhasil diangkat. Kesempatan itulah digunakan oleh Kresna untuk mendesak Arjuna agar menyerang Karna saat itu.
Arjuna menjadi bingung, namun Kresna segera mengingatkan Arjuna atas kematian Abimanyu, yang terbunuh dalam keadaan tanpa senjata dan kereta perang. Arjuna pun melepaskan panah dan melesat memenggal kepala Adipati karna.